氣相色譜儀氣源凈化為了出去各種氣體中可能含有的水分，灰分和有機氣體成分，在氣體進入儀器之前應先經過嚴格凈化處理。若全部使用鋼瓶氣體，有的氣相色譜儀附有凈化器，且內已填有5A分子篩，活性炭，硅膠，基本可滿足要求。

若氣相色譜儀使用一般氫氣發生器，則必須加強對水分的凈化處理，故應增大干燥管面積（體積在450立方厘米以上為好，填料用5A分子篩為佳），并在氣相色譜儀發生器后接容積較大的儲器桶，以減少或克服氣源壓力波動時對氣相色譜儀基線的影響。若使用空壓機作空氣來源，空壓機進氣口應加強空氣過濾，加大凈化管體積，在干燥管內應填充一半5A分子篩，一半活性炭。一般國產無油氣體壓縮機（天津產）可滿足需要。